胃は食べ物が食道を通って入ってくると、しばらく胃内にためておくために、上部の筋肉を緩めます。その間に胃液を使って食物をドロドロに溶かします。その後、消化が十分に行われたタイミングで胃の下部の筋肉を緊張させて十二指腸方向へと送りだします。この一連の動作が胃の運動機能の主なものですが、この過程のどこかに障害が起こることが原因で胃もたれや早期飽満感、食欲不振などが起こります。

上記の要素の他に、以下のような様々な因子が複雑に絡み合っていることが分かっています。

睡眠不足や疲労といった不規則な生活、過度の飲酒や喫煙といった嗜好品などの生活習慣が発症に関連すると考えられています。

脂っこい食事を摂り続けると、胃に負担がかかり吐き気や胃痛が起こりやすくなります。また、激辛の香辛料の過剰摂取も同様で、食生活の極端な偏りは発症に影響します。

胃の形によって、胃の運動機能に影響が出ることもあります。胃の上部が拡張して大きくなった瀑状胃（ばくじょうい）では胃がくの字に曲がったようになり、食べ物がスムーズに通過しにくくなって、胃の 上部に食べ物が留まりやすくなり、胃酸が過多になる傾向があります。

サルモネラ菌などによって細菌性胃腸炎になったことをきっかけとして、機能性ディスペプシアを発症することもあります。

ピロリ菌は、胃の中でアンモニアを発生し、胃酸を中和します。ピロリ菌の生息している部分の胃壁の防御機能が徐々に低下して知覚過敏などを起こしやすくなります。

遺伝的な体質によって機能性ディスペプシアを発症しやすい人がいます。

現在でも、機能性ディスペプシアは慢性胃炎と扱われたり、ストレス性の胃炎と扱われたりすることがあり、胃潰瘍や胃がんなどより軽く扱われ、胃薬を出しておしまいというような診療が見受けられます。 しかし、機能性ディスペプシアは、何らかの機能的原因で胃の運動機能や知覚機能が障害されている疾患です。こうした状態が長く続くことで日常生活の質は大きく低下し、さらに続くと精神的な抑うつなどに繋がっていくこともあります。
この病気は、適切な薬物療法と生活習慣の改善を続けることで、症状を改善することが可能です。
いったん軽快しても、増悪要因を取り除かなければ、再発してしまうこともありますが、それでも快方へ向かっていくために、あきらめず、気長に治療していくことが大切です。